上海注册个人独资企业的缺点：

1、个人独资企业的规模有限，一定程度上限制了企业的扩展和大规模经营。

2、投资者风险巨大，业主需承担无限责任，当企业的资产不足以清偿其债务时，业主以其个人财产偿付企业债务。有利于保护债权人利益，但独资企业不适宜风险大的行业。业主承担风险过大的，限制了业主向领域进行投资的活动或风险较大的部门。这对新兴产业的形成和发展极为不利。

3、企业连续性差。企业经营权与所有权高度统一的产权结构，虽使企业拥有充分的自主权，但这也表明企业是自然人的企业，业主的病、死，他个人的知识和能力的缺乏，以上情况可能会导致企业破产。

4、抗风险能力较差。个人独资企业，公司的财力取决于投资人个人的财力情况，受公司规模、财力的影响，一般公司的抗风险能力都比较差，一般遇到市场上的变动，都容易站不住。